正如如大家所知,高通量测序在新冠病毒的鉴定及诊断中可以和RT-PCR法形成互补,这样不仅能够提高阳性检出率,而且还能进行并发检测,以提供更多的可能感染的病原信息。其中更为重要的是,高通量测序还可以对病毒的序列进行组装,以获得病毒的全长基因组信息,这样为追溯病毒的来源、监测病毒的变异趋势以及探究致病机理提供了研究基础。
科学家们为了获取完整的病毒基因组的序列,目前广泛应用到的高通量测序技术,就是将核酸序列打断成短片段从而进行测序,然后通过相应的分析软件将测得的短序列再进行拼接组装。然而,新型冠状病毒是一种新发病毒,人们在基因测序的深度、测序准确性以及重复序列比例等方面,到目前来讲还没有形成具有参考意义的经验值。那么也就是说如果要将海量的短序列还原出原始的基因组序列,则有可能会在序列拼接中出现以下问题:首先,出现测序错误,从而导致某些重叠的可信度低;再者,基因组序列的不完全覆盖以及高重复序列的干扰会影响基因短序列拼接的准确性和完整性;最后,宏转录组测序样本中的人源序列占到了85%以上,而病原序列仅占到5%左右,这就使得病毒基因组序列的拼接难度更高。
了为避免样本在采样、保存和运输过程中因不确定性而导致提取的核酸含量出现较大地差异,我们现在有两种方案:第一种是对于核酸含量高的样本建议进行rRNA去除再建库;第二种是对于核酸含量低的样本,直接进行RNA的建库,并加大基因测序深度。
通过病原鉴定系统对COVID-19序列进行数据分析并采用IDBA的方法完成基因的拼接。
选择NCBI genome数据库,这个库中收录目前经过测序的所有物种的参考基因组。你只要输入你需要的病毒名称比如HIV,就可以看到这个病毒的全基因组序列。你还可以点击某条序列,进入到详细信息界面,就可以看到这个序列的来源。
你好,HIV是外源性病毒,具蛋白质外壳和RNA,入侵人体后在体内分散活动,入侵t4免疫细胞,使其破裂并繁殖自身,使人免疫力下降。
不能用基因剪刀敲除的原因:
1.位置不固定,数量多且分散在全身,难以捕捉
2.基因剪刀只对遗传物质起作用,要敲除HIV内部基因要先破坏其蛋白质外壳,而HIV外壳被破坏后已基本失活,再用基因剪刀是多此一举
如何检测一个新病毒的基因组
基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。环境和遗传的互相依赖,演绎着生命的繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程。生物体的生、长、衰、病、老、死等一切生命现象都与基因有关。它也是决定生命健康的内在因素。因此,基因具有双重属性:物质性(存在方式)和信息性(根本属性)。
先要把基因组提取出来,然后把基因组做模板,对那个基因进行RT-PCR,如果所研究的某一基因的所有拷贝数都包含在基因组内的话,那么就可以确定原始的拷贝数,当然需要制作一个标准曲线的,(可以把那段基因当做定量的工具,先要准确定量好,浓度大一点的,就是说先定量一个ng级以上的标准模板,可以用紫外分光光度计或是nanodrop等仪器能够检测出的,然后梯度稀释,这样先制作成一个标准的曲线)这样可以根据RT-PCR的扩增Ct值代入到标准曲线里去求出拷贝数,当然模板要全部包含在基因组内。不知道我说的对不对,也就是你所说的实际上就是检测模板的浓度。
根据以往东轮状病毒基因序列,寻找保守序列,根据保守序列设计引物,把11段都P出来,拿去测序,把测序结果拼接,是这样子的吧
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我们生活的世界上有着很多种不同的生物,因为种类不同所以每个物种都不一样,而且每个相同的物种也因为基因的不同也会出现不同的模样。这就是基因的魅力,所以基因的序列不同和基因的选择性表达会产生不同的情况,而最近也因为新冠病毒肆虐,很多人也想到通过基因问题来改变现状,那么有没有什么办法可以改变病毒基因?基因本身就有着基因突变的说法,因此改变基因的办法有很多,使用化学试剂和物理射线。
一般的生物的成长都会有细胞分裂这个环节,因为细胞是生物体最基本的部分,而在细胞分裂的时候就会出现基因链紊乱的情况,从而改变基因。但是我们需要知道的是,病毒不是细胞,因此我们在改变病毒基因的时候,不能采取细胞生物的办法,我们需要在病毒寄生在宿主细胞时下文章。
我们都知道,病毒是没有生命的,他的生命活动必须依附宿主细胞,而且病毒的繁殖方式也是通过复制来完成的,因此我们想要改变细胞基因就需要,当病毒进入宿主细胞时,且进行遗传物质的复制、转录、和转译时,我们向宿主细胞中注入一些影响某些物质表达的化学试剂,从而导致病毒基因的改变,但是这种改变方式往往是不定向的,而且改变了也没有多大的用处。
现在随着生物科学的不断进步,和其他的一些基础科学的不断成长,我们出现了很多精密仪器,为了能改变生物的基因也就出现了基因工程,我们在经过分析之后,就能明确的判断出改变哪段的基因片段效果最好,最后实现定向修改。所以我们相信未来可期,阳光总在风雨后,疫情之后,美好的生活在迎接我们。
基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。环境和遗传的互相依赖,演绎着生命的繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理
基本失活,再用基因剪刀是多此一举如何检测一个新病毒的基因组和致如何检测一个新病毒的基因组基因(遗传因子)是具有遗传效应的DNA片段(部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA)。基因支持着生命的基本构造和性能。储存着生命的种族、血型、孕育、生长、凋亡等过程的全部信息。环境和
病毒是一种新发病毒,人们在基因测序的深度、测序准确性以及重复序列比例等方面,到目前来讲还没有形成具有参考意义的经验值。那么也就是说如果要将海量的短序列还原出原始的基因组序列,则有可能会在序列拼接中出现以下问题:首先,出现测序错误,从而导致某些重叠的可信度低;再者,
要制作一个标准曲线的,(可以把那段基因当做定量的工具,先要准确定量好,浓度大一点的,就是说先定量一个ng级以上的标准模板,可以用紫外分光光度计或是nanodrop等仪器能够检测出的,然后梯度稀释,这样先制作成一个标准的曲线)这样可以根据RT-PCR的扩增Ct值代
如何破解新冠病毒基因组全长序列?正如如大家所知,高通量测序在新冠病毒的鉴定及诊断中可以和RT-PCR法形成互补,这样不仅能够提高阳性检出率,而且还能进行并发检测,以提供更多的可能感染的病原信息。其中更为重要的是,高通量测序还可以对病毒的序列进行组装,以获得病毒的全